藥師灌頂真言，俗稱藥師咒，是藥師佛的根本真言（陀罗尼），是佛教界普遍誦念的知名咒語。
藥師咒出自於《藥師琉璃光七佛本願功德經》（大唐三藏法師義淨於佛光內寺譯本）：
「復次，曼殊室利！彼藥師琉璃光如來得菩提時，由本願力觀諸有情遇眾病苦，瘦瘧、乾消、黃熱等病，或被厭魅、蠱道所中，或復短命，或時橫死，欲令是等病苦消除，所求願滿。時彼世尊入三摩地，名曰滅除一切眾生苦惱，既入定已，於肉髻中出大光明，光中演說大陀羅尼呪曰：
『南謨薄伽伐帝 鞞殺社寠嚕 薜琉璃鉢喇婆 曷囉闍也 呾他揭多也 阿囉𠿒帝 三藐三勃陀也呾姪他唵 鞞殺逝鞞殺逝 鞞殺社三沒揭帝 莎訶』」
藏傳佛教中也有對應的藏文譯本。
咒文有全咒及心咒兩個版本。在日本流傳的有大咒、中咒、小咒三個版本：當中的大咒即詳版，中咒即簡版，至於小咒，日本學者佐藤任認為在其他地方的傳承均沒有「小咒」，其實可能是在日本把《無能勝明王真言》錯當成為药师真言的「小咒」[1]。
药师灌顶真言（全咒）：
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南無薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薜琉璃。 鉢喇婆。喝囉闍也。
怛他揭多也。阿囉喝帝。三藐三勃陀耶。怛姪他。
唵。鞞殺逝。鞞薩逝。鞞薩社。三沒揭帝。莎訶。
- námó bóqiéfádì, píshāshè, jùlū bìliúlí, bōlǎpó, hèlàshéyě,
- dátuōjiēduōyē, ē là hè dì, sānmiǎo sānbótuóyē, dázhítuō,
- ān, píshāshì, píshāshì, píshāshè, sānmòjiēdì, suōhē.
- namo bhagavate bhaiṣajya-guru vaiḍūrya prabha rājāya
- tathāgatāya arahate samyaksambuddhāya tadyathā:
- oṃ bhaiṣajye bhaiṣajye bhaiṣajya-samudgate svāhā.
- 如来 应供 正等正觉 即说咒曰：
- 唵 药 药 药效-升起 娑婆诃（圓滿）。
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”
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藏文版本的簡版「藥師心咒」自「tadyathā」開始至「svāhā」結束，但音與梵文有別，漢譯作「喋雅他 嗡 貝勘則 貝勘則 瑪哈貝勘則 喇雜薩目 嘎喋 梭哈」[2]。其中的「瑪哈貝勘則喇雜薩目嘎喋」即将「bhaiṣajya-samudgate」换作「mahābhaiṣajya-raja-samudgate」，汉文读作「摩诃鞞薩逝囉闍三沒揭帝」，义为「大药王升起」。
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